Рокуро Окадзима — обычный клерк крупной японской корпорации, чьи будни склеены из нескончаемых встреч, распоряжений начальства и попыток держаться на плаву в рамках жестких регламентов. Вокруг него — городской шум и однажды постоянные «пинки» сверху, которые превращаются в попытки отвлечься за бокалом с клиентами. Но привычная рутина рушится, когда ему доверяют крайне важный диск и отправляют в командировку к берегам Борнео, через Южно-Китайское море, чтобы вручить документ местному менеджеру филиала. Казалось бы, достаточно пересечь пару десятков миль, но судьба непредсказуема: на пути корабль захватывают вооружённые люди, нанятые русской мафией. После того, как Рокуро лишается посылки и получает несколько тяжёлых ударов, ему ясно — ситуация выходит за рамки обычной командировки. Угрожающий пистолет и холодный расчёт нападающих заставляют понять: всё только начинается. Так безмятежный клерк оказывается пленником на маленьком пиратском судне «Лагуна». Экипажу приходится считаться с новым членом команды: бывший офисный работник, вынужденный выживать в чужой стране и на чужих правилах, обретает неожиданный смысл своей жизни. Пока корпорация пытается избавиться от пиратов и самого посыльного, прибывающие наёмники превращают воздух вокруг в зону опасности. Однако Рокуро постепенно переходит от роли жертвы к участнику хаотичной, но свободной жизни на борту «Чёрной лагуны» и узнаёт себя как часть этой странной, яркой команды.
