Во втором сезоне аниме Могучая Бёрди 2, выпущенном в 2009 году, Бёрди и Цутому по-прежнему делят одно тело: она продолжает выполнять обязанности агента федерации и одновременно держится на виду в светских кругах, он пытается встроить их совместную реальность в свою обычную повседневность. Когда подпольная группировка, связанная с инцидентом «Рюнка», сбегает из заключения и находит укрытие на Земле, им вновь приходится взять расследование в свои руки. Но вскоре становится ясно, что за этим стоят не только знакомые враги и союзники, а и новые силы, действующие наравне с ними и изменяющие расклад сил. Эти обстоятельства заставляют Бёрди обратиться к воспоминаниям о прошлом и глубже обдумать людей, чьи решения оказали на неё решающее влияние. По мере развития сюжета герои сталкиваются с новыми дилеммами между долгом и личной жизнью, между довериями и риском, между темной тайной и открытой правдой. Вторая часть расширяет мир, вводит новые мотивации у противников и заставляет главных персонажей переосмыслить цену каждого шага на пути к своим целям.
