Это новое звено франшизы «Призрак в доспехах», посвящённое зарождению Девятого отдела МВД Японии. Подразделение создано для ведения расследований, которые выходят за пределы возможностей обычной полиции. Майор Мотоко Кусанаги, чьё детство прошло под тенью многочисленных операций по кибернетизации тела и превращения в полноценного киборга, оказывается под началом Дайсукэ Арамаки, которому поручено раскрыть причину загадочного взрыва. Однако к делу привлекаются и другие фигуры: Бато, ветерана и экс-рейнджера, чьи поступки за годы привели к ряду кровавых конфликтов в Южной Америке, и детектив Тогуса. Эти события стали отправной точкой формирования Девятого отдела. Вместе эта троица должна противостоять террористам, распутать сеть заговора и вернуть безопасность городу, несмотря на личные травмы и профессиональные риски, которые каждый из них приносит в команду.
