В 2199 году Земля оказывается на грани полномасштабного вторжения со стороны инопланетной империи Гамилус, возглавляемой лордом Деслером. Их мир подчинен радиации, и они обстреливают планету радиоактивными астероидами, превращая поверхность в непригодную для жизни. Людям приходится прятаться под землёй, но даже подземные города страдают от разрушительного воздействия радиации. На Марсе терпит крушение корабль цивилизации, неизвестной земному человечеству. На его борту Сусуму Кодай и Дайсуке Сима находят погибшую девушку, оставившую сообщение от правительницы планеты Искандар. В расшифрованном послании Искандар предлагает землян помощь в борьбе с угрозой и приглашает их на свою родную планету, где существует устройство, способное очистить поверхность Земли от радиационного загрязнения. К письму приложена инструкция по созданию мощного космического двигателя. Найдя на планете затонувший ещё во Второй мировой войне корабль Ямато, герои восстанавливают его и под командованием капитана Дзюдзо Окиты отправляются в космическое плавание к Искандару. Но у экипажа есть ровно год на путь к цели, иначе человечеству грозит гибель.
