Спустя годы после событий первой части аниме Армитаж: Двойная матрица Наоми Армитаж и Росс Силибас ведут размеренную семейную жизнь, воспитывая дочь Ёко. Их мир продолжает бурлить противоречиями: общество всё ещё спорит о правах андроидов и о том, что они могут быть равны людям, что порождает напряжение и конфликты вокруг их семейного очага. В попытке балансировать между служебными обязанностями и заботой о ребёнке парам приходится лавировать между личной жизнью и давлением внешнего мира. Всё меняется в момент, когда Наоми занята приготовлением торта к дню рождения Ёко и внезапно улавливает тревожные сигналы — отголоски роботов, похожих на её собственную модель. Эти воспоминания прошлого снова поднимают вопросы и тревожность, заставляя её вслушиваться в таинственные подсказки. Ночь опускается на город, и Армитаж принимает решение выйти на собственное расследование, чтобы понять источник загадочных сигналов и понять, какие тайны машин и людей ещё ждут своего раскрытия.
