Смотреть Аниме «Индекс волшебства: Чудо Эндимиона»

События фильма происходят сразу после завершения на космическом подъёмнике Эндимион в Академия-Сити. Главные герои — Тома Камидзё и её подруга Индекс — случайно сталкиваются с Арисой Мэйго, эспером нулевого уровня. По неясной причине Ассоциация магов начинает охоту на Арису и наносит удар по городу. Чтобы защитить население, формируется вооружённое сопротивление под предводительством Шатауры Секвенция. По мере развития сюжета Тома и Индекс узнают от Стэйла Магнуса, что их новая знакомая может стать инструментом, способным разжечь войну между двумя мирами — мира Магии и мира Науки. Различные силы стремятся использовать Арису в своих целях: одни хотят разрушить существующий баланс, другие — сохранить его любой ценой. В ходе событий герои всё более ясно видят, что ставки куда выше личных конфликтов: манипуляционные интересы приводят к угрозе для всего Академия-Сити, и будущее двух миров может зависеть от того, сумеют ли они найти общий язык или нет.