События фильма происходят сразу после завершения строительства космического подъемника Эндимион в Академия-Сити. Главный герой Тома Камидзё и его подруга Индекс сталкиваются с Арисой Мэйго — эспером нулевого уровня — и оказываются втянутыми в опасное расследование. По неизвестным причинам Ассоциация магов начинает преследовать Арису и наносит удар по городу. Чтобы защитить население, формируется массовое сопротивление под руководством загадочной Шатауры Секвенции. Позже Тома и Индекс узнают от Стэйла Магнуса, что их новая знакомая может быть использована как средство развязывания войны между двумя мирами — мира магии и мира науки. Героям предстоит распутать клубок интриг: кто охотится на Арису, какие силы стоят за нападениями, и как их решение может повлиять на баланс сил между магическим и научным мирами. В ходе событий они осознают цену каждого шага и риск эскалации конфликта.
