Прошло уже тысяча лет с тех пор, как неизвестная раса Гауна разрушила Солнечную систему. Эти гигантские твари, почти неуязвимые и лишённые разума, стали источником бесконечного кошмара для выживших. Чтобы спасти человечество, люди укрылись на дальних космических кораблях под названием «Сидония», ставших их новым домом и оплотом. В суровой битве за существование они научились конструировать и пилотировать боевые машины, чтобы держать оборону и держать врага на дистанции. Все происходило вокруг Нагатэ Таникадзе, чья жизнь прошла в полной изоляции на одном из модулей Сидонии. Когда его обнаружили, стало ясно, что у него есть особая способность управлять боевыми механизмами. Это открыло дорогу к пилотированию, и он вместе с командой талантливых пилотов встал на путь сложной, рискованной войны против Гауна, чтобы по-прежнему вернуть людям шанс на выживание и сохранить человеческий род в бескрайнем космосе.
