События аниме разворачиваются спустя два месяца после инцидента на подводной лодке Tuatha De Danann, зафиксированного в финале первого сезона. МИФрил узнаёт о существовании секретной организации, владеющей технологией, способной взламывать ECS — систему электронных замков. Эта группировка получила название Амальгама и помимо этого обладает некой «тёмной технологией», заимствованной у таинственного источника, известного как Виспер, такого же уровня, как и у Канаме Тидори. Как и прочие спецслужбы, Амальгама не намерена останавливаться на достигнутом. Когда миссия Сосукэ Сагары по защите Тидори — отозвана МИФрилом, перед ними открывается путь к реализации замыслов Амальгамы; ключевые детали плана начинают складываться в единое целое. И теперь отваге МИФрила предстоит сорвать этот рискованный сценарий, прежде чем Амальгама сумеет довести план до финала.
