Сюжет фокусируется на Майе Кумаширо, дочери бывшего директора Академии Валдштейн, и на путешественнике во времени Фумиаки Учиды. После вторжения инопланетян в 2012 году на Земле начинается гонка за артефактом, известным как Ключ Нострадамуса: группа временных агентов отправляется назад во времени — в 1999 год — чтобы обнаружить и ликвидировать предмет, который, согласно пророчествам, способен привести мир к апокалипсису. Действие разворачивается именно в 1999 году: Майя возвращается в Академию с намерением разрушить её и занять недавно освободившееся место координатора. Однако всё меняется, когда она знакомится с Фумиаки Учиды и узнаёт о предстоящем апокалипсисе. Не до конца поверив словам о предзнаменовании, Майя всё же заключает соглашение о сотрудничестве, и вместе они отправляются на поиск загадочного Ключа Нострадамуса, готовясь противостоять надвигающейся угрозе.
