Действие аниме уходит за десятилетие до тех событий, которые рассказываются в поздних эпизодах, и рассматривает зарождение новой Четвёртой войны Святого Грааля. Семь магов снова борются за могущество, которое способно свернуть судьбу и исполнить любое желание владельца, а схватки происходят через призыв могущественных духов-героев. Трижды попытки закончились ничьей, и именно эта история посвящена темным основам войны и её разгрому. Объединив волю к победе, маги движутся к зоне конфликта — мегаполису Фуюки. Но среди них найдётся человек, который привык идти своим путём и сомневается в смысле самой борьбы. Ему далось имя Кирэй Котоминэ. Не сумев принять такое предначертанное предназначение судьбы, он ощущал пустоту и продолжал поиски смысла жизни. Тем временем представители одной из древних семей-заведчиков, Айнцберн, после трёх неудачных попыток овладеть Граалем полны решимости получить его любой ценой, поэтому привлекают в свои ряды Кирицугу Эмия — человека, которого все считают холодным и безжалостным наёмником. Эмия, когда-то мечтавший стать героем, уже давно осознал, что спасение одного часто требует жертв других. Он принял решение ради человечества стать «огнём и мечом» этого мира, снося на своём пути всех, кто угрожает людям. Ему приходится балансировать между любовью к жене и дочери и данным обещанием завладеть Граалем. Конфронтация неизбежна...
