На фоне вооружённого противостояния между натуралами OMNI и их координаторами ZAFT молодой солдат-координатор получает задание добыть недавно созданный Земным альянсом мобильный доспех, находившийся в колонии Гелиополис. Кира Ямато, начинающий мастер военной техники, учится в техническом колледже Гелиополиса и по долгу оказывается втянутым в развернувшийся конфликт. Когда ZAFT силой забирает четыре из пяти доступных мобильных доспехов, остаётся только последний — Strike — и Кире приходится принять на себя пилотирование этого прототипа, чтобы выжить и поддержать друзей. По ходу событий он встречает друга детства Асурана Залу, который, как ни странно, оказался солдатом ZAFT и одной из ударных сторон, участником налётов на Гелиополис. Освоив управление Strike, Кира присоединяется к Земному альянсу на корабле Архангел, надеясь защитить близких. Но груз ответственности не уменьшается: ему приходится сражаться против человека, которого он когда-то считал товарищем и близким другом.
