В Турции, у подножия святого массива Арарат, тайная организация «Аркам» наталкивается на предмет, который, по слухам, может оказаться Ноевым ковчегом. Сам факт обнаружения вызывает немедленный интерес со стороны множества сил: помимо учёных и исследователей, к артефакту тянутся и теневые структуры мирового масштаба. Одно из подпольных объединений Пентагона США стремится заполучить Ковчег, и на пути к нему выстраивается ожесточённая борьба силами спецотряда «Спригган», охраняющего эту находку. Японский агент из «Сприггана» Ю Оминаэ объединяется с французским оперативником Жаном Жакмондо, чтобы противостоять американскому подразделению под предводительством полковника МакДугалла — мальчика, который после генетического эксперимента обрел сверхъестественные способности. Ветвь «Сприггана» обязана действовать слаженно и точно, чтобы не позволить МакДугаллу использовать Ковчег в своих амбициях и достичь зловещих целей.
