В ближайшем будущем Японии, в 2035 году, взрыв, вызванный экспериментами над искусственными организмами, приводит к выходу из-под контроля одного из образцов, названного Материей, и его расползанию по долине Куробэ. По новому масштабу угрозы правительство запрещает доступ к целому исследовательскому городу, который когда-то считался символом надежды человечества. Два года спустя пятнадцатилетняя Айко Татибана, утратившая во время катастрофы всю семью, узнаёт от перенесённой в другой класс ученицы Юи Канзаки ошеломляющую правду об инциденте и о секрете, скрытом в её теле. Остальные элементы загадки лежат в Первичной Точке — эпицентре взрыва. Поэтому Айко вместе с Юи в роли проводника и под сопровождением команды дайверов — людей в специальных органических костюмах, выполняющих миссии на территориях, поглощённых Материей — отправляются глубже в запретную зону, чтобы выяснить всю правду.
