Человечество держится на грани выживания под натиском внеземных сил Зентреди. Чтобы закрепиться в дальнем космосе и обеспечить будущее цивилизации, отправляют флот колонизационных кораблей в открытый вакуум. В этом контексте выделяется гигантский флот под названием Макросс-Фронтир, где судьба простого старшеклассника Саотомэ Альто меняется навсегда. Во время яркого выступления на сцене легендарной поп‑идолы Шерил Ноум внезапно начинается тревога: на корабль обрушиваются атаки неизвестных существ, сея хаос и разрушения. Чтобы защитить молодую Ранку Ли, которую он встретил всего лишь недавно, Альто вынужден занять место погибшего пилота в кабине новейшего боевого меха. Его подвиг не уходит незамеченным — частная военная организация S.M.S. Skull Squadron приглашает его присоединиться к их отряду. Так Альто вступает в новую роль защитника друзей и всего Макросс-Фронтир, продолжая бороться за выживание человечества в бескрайнем космосе.
