Сюжет разворачивается сразу после развязки Лабиринта Грисайи. Юджи Казами оказывается под обвинением в связях с международной террористической группировкой, возглавляемой Хитом Осло (Heath Oslo), которая сумела пересечь границы Японии и применить оружие массового поражения. Финансовые неприятности доводят школу Михама до кризиса, и у девушек остаётся всего месяц, чтобы выбрать: сдаться или рискнуть ради того, что для них важно. Сможет ли объединённая команда студенток и студентов противостоять целым странам и влиятельным организациям и выйти победителем? Впереди их ждут рискованные решения и напряжённые стычки, которые проверят их дружбу, решимость и готовность бороться за собственные мечты и ценности, несмотря на лицемерие мировых сил.
