Землю угрожают пришельцы Гауна, и люди вынуждены искать новый дом в безграничном космосе. Корабль Sidonia становится их последним убежищем и фронтом обороны, но рыцарские пилоты держат оборону лишь временно: враг давит без остановки, соратники гибнут, а новое оружие оказывается всё менее эффективным. Один из лучших пилотов, Нагате Таникадзе, ясно осознаёт, что Гауна постепенно приближает победу. В отчаянной борьбе пропадают надежда и ресурсы: соратники погибают, сопротивление истощается, и без радикального шага исход битвы может оказаться не в пользу людей. Военные и учёные идут на риск и создают гибрида — химеру, воплощение забытых знаний. Её зовут Цумуги Сирауи. Тело этой сущности сочетает черты Гауна и человеческую личность, и она становится полезной в боях, хотя её появление вызывает раздор и противоречия среди командиров и учёных. На пути к новому дому для землян впереди ещё масса препятствий.
