Это прямое продолжение фильма Аркадия моей юности, вышедшего в 1982 году, и развивает историю бесконечного пути героев через космические просторы. Война против Империи Иллюмидус, порабощающей и разрушавшей все обитаемые миры, завершилась поражением: Земля оказалась под контролем пришельцев. Харлок и его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с планеты. Но Иллюмидус на этом не остановился. Капитан Харлок, Тотиро и Эмеральдас — под кодовыми номерами S-00999, S-00998 и X-00001 — объявлены в розыск. Пытаясь бороться не только с Иллюмидусом, но и с многочисленными охотниками за головами, готовыми заплатить немалую награду за их поимку, они остаются единственной защитой Земли и продолжают свой путь. Их дорога устлана испытаниями, предательствами и растущим давлением со стороны врагов, но они держат курс на свободу планеты, за которую так боролись. Свет надежды всё ещё хранится в их руках, и они идут вперед, не сдаваясь.
