События разворачиваются в XXII веке, когда человечество сталкивается с неожиданной космической угрозой — нашествием юпитерианских ящеров. Год спустя Акито, единственный выживший после нападения на земную колонию на Марсе, просыпается в незнакомом месте и не может понять, как оказался на Земле. Он подрабатывает поваром и то и дело пытается восстановить ход событий, собирая разрозненные воспоминания и искренне желая разобраться в произошедшем. Всё меняется после случайной встречи с Юрикой — подругой детства, которая оказывается капитаном новейшего корабля «Надэсико», построенного частной компанией «Нергал» ради поиска выхода из сложившегося противостояния. Следуя за ней, Акито в надежде найти ответы сам становится частью экипажа, состоящего из людей и необычных существ, каждый из которых обладает непохожими способностями и характером. Прорываясь сквозь пламя и сопротивление, корабль «Надэсико» устремляется к Марсу, где, возможно, раскроется тайна гибели родителей Акито и откроется истина о его прошлом.
