К 220X году цивилизация шагнула к радиоволновым технологиям, и Земля оказалась связана невидимой сетью Волновой дороги. В центре сюжета — Субару Хосикава, пятиклассник, чья жизнь круто изменилась после гибели отца в космической катастрофе. Однажды он встречает загадочную инопланетную радиоволну по имени Уор-Рок, спускающуюся с далекой планеты FM. Уор-Рок уверяет, что знает судьбу отца Субару, но за их союзом охотятся чужие существа из дальних миров. В ходе приключений эти двое становятся единым целым — Мегаменом, существом, наполовину человеком, наполовину волной, способным свободно перемещаться по Волновой дороге и сражаться с радиовирусами и силами FMS, угрожающими Земле. Их миссия — раскрыть тайну прошлого и защитить планету от надвигающейся волны зла, проложив путь к светлому будущему человечества.
