Долгая и изматывающая война между человечеством и разумными машинами, прозванными механоидами, завершилась перемирием, когда мощь противника практически перекрыла Земле доступ к свободе. В разгар этого баланса сил Зеро, адмирал флота в Великой Галактической войне, переходит на должность капитана буксирного судна. Он прошёл через потерю семьи на поле битвы, но верность Земле остаётся неизменной. Во время выполнения очередного задания его корабль неожиданно оказывается под натиском таинственного пиратского флота, известного как «Тень смерти», и Зеро вступает в бой, который всё же заканчивается его поражением. Позже командование вменяет ему новую миссию: поймать и передать власти легендарного пирата — капитана Харлока, чья слава распространяется по всей галактике и оказалась связана с недавним нападением. Под знаменем Независимого Флота, вместе с бывшим боевым линкором «Кария» и командой, состоящей как из людей, так и из механоидов, Зеро должен обшагать Вселенную в поисках следа Харлока и восстановить баланс сил.
