В 2012 году Японию захватывают Мю — гуманоидные существа с голубой кровью, пришедшие из иного измерения. Через пару лет эти вторженцы снова обрушиваются на Токио, но вынуждены отступить под натиском загадочного оружия под названием «долем». В разгар хаоса юный Аято Камина сталкивается со своей одноклассницей Рэйку Мисиму и оказывается втянутым в непростые события. В тот же день над ним нависает преследование со стороны правительства, однако на помощь приходит Харука Сито, утверждавшая, что её направила таинственная организация TERRA. Она сообщает, что город оказался запечатан во временном разрыве, где время течёт примерно в три раза медленнее остального мира. Чтобы спрятаться, Аято прячется на поезде и там вновь встречает Рэйку. По прибытии в Зал Ра он следует за ней к гигантскому яйцу, из которого вылупился долем Ра-Зефон (RahXephon). Внезапно на вершине долема появляется мать Аято и останавливает вторжение TERRA. Во время боя она получает рану, и, увидев её голубую кровь, Аято вместе с Харука поспешно уходит прочь, пытаясь укрыться от надвигающейся угрозы.
