Во втором сезоне аниме Детективное агентство Милки Холмс 2, вышедшем в 2012 году, героини, знакомые зрителю по прошлым расследованиям — Шерли Шеринфордо, Ниро Неро, Элли и Корделия Граука — всё ещё не сумели вернуть свои необычные способности после схватки с королевой преступного мира. Но девушки не сомневаются в себе: их не пугает даже перспектива исключения из Академии Холмса, они живут в тесной пыльной каморке и выживают за счёт того, что выращивают сами. Учёбу они откладывают: вместо занятий занимаются садоводством на подоконнике и подрабатывают на улицах, чтобы протянуть до следующего дня. Слабость и нерешительность отступают не только у них — их соперники, известная Четвёрка гениев, уже не так уверены в себе: лидер их команды, Кокоро Акэти, попадает в руки мошенницы, и группе грозят серьёзные неприятности. Президент школьного совета Анриетта (アンリエット・ミステール) оказывается в отчаянии и решается на крайние меры. Смогут ли она говорить с девочками языком долга к расследованиям и вернуть их к истинному пути детективнои́ работы?
