После ухода от своих служебных обязанностей в 501‑м секретном подразделении Мотоко Кусанаги оказывается под началом.Dайсука Арамаки, которому предстоит вести новое дело. Неожиданно взломано управление искусственным интеллектом Логикомой, и Бато собирает новую оперативную группу, чтобы разобраться в причуде. Он приглашает в команду людей, которым можно доверять: Исикаву — бывшего армейского разведчика, и Бому — специалиста по взрывчатке и подрывным операциям. Мотоко настойчиво пытается привлечь к расследованию снайпера Сайто и таинственного агента Падзу. В это время Девятый отдел разворачивает очередную операцию, сталкиваясь с выбором, где границы между человеком и машиною становятся всё тоньше. Плотное сотрудничество между боевыми специалистами и кибернетическими системами, политические интриги и характеры, связанные с легендарной призрачной технологией, становятся ключом к разгадке тайн, скрывающихся в этой истории.
