События разворачиваются в январе 2118 года: Аканэ Цунэмори, выполняющая обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает сообщение об инциденте на иностранном судне. Её спешат сопровождать Ацуси Синдо, руководитель отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, и оба направляются к месту происшествия. По неизвестной причине полномочия по расследованию переданы Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом при Министерстве иностранных дел. На корабле обнаруживают тело Доктора Милиции Стронской, которую Ацуси пригласил в качестве гостя. За случившимся стоит загадочная организация «Нарушители мира», которую Исполнительный отдел преследовал длительное время. Первое отделение департамента уголовного розыска выводит на вывод о том, что инцидент спровоцирован именно этой группировкой, стремившейся добыть исследования доктора Стронской, известные как «Документ Стронской», и формирует совместную группу вместе с Департаментом поведенческих расследований. В их составе встречается Шинъя Когами, бывший разыскиваемый бюро общественной безопасности. При помощи Дзёдзи Сайги, последнего, кто поддерживал контакт с доктором Стронской, команда отправляется в Дэдзиму за документом. Аканэ и Когами сталкиваются с масштабным делом, тесно переплетённым с «Документом Стронской». Впервые раскрывается скрытая истина, способная поколебать японское правительство и систему “Сибилл”. Это не просто переказ — история служит связующим звеном между двумя частями франшизы Психопаспорт.
