Юному Дзиро открывается суровая правда: в его доме найдены погибшими мать и сестра, и он становится жертвой ложного обвинения. Чтобы скрыться от преследователей, он уходит из родной деревни и встречает загадочного священника по имени Тэнкай, который принуждает его к убийству отступника-ниндзя по имени Тародза. Выполнив это задание, Дзиро решает обучаться ремеслу убийцы и посвящает жизнь мастерству. Спустя годы он узнаёт, что на самом деле он сирота, а его биологическим отцом был именно Тародза, когда тот работал на Тэнкая, пока не бросил миссию ради любви к женщине из народа айнов. Путник-ниндзя начинает осознавать, что сёгунат намерен заполучить утраченное сокровище Капитана Кидда и применить его для возвращённой изоляции Японии от мира. Используя закодированные подсказки, которыми тайно хранил Тародза, Дзиро вместе с молодой ниндзя Оюки и рабом по имени Сэм отправляются за течением судьбы — через Россию и Америку — в поисках сокровища, надеясь этим омстить Тэнкаю.
