После развязки событий второго фильма Синдзи Икари просыпается спустя 14 лет в совершенно незнакомом мире. Он растерян и не может уловить, что именно произошло, но постепенно перед ним раскрывается тревожная правда. Вопреки устоявшимся ожиданиям ему предстоит снова столкнуться с Ангелами, на этот раз в компании неожиданных союзников и под давлением сопротивления со стороны тех, кого он считал друзьями. Судьба вновь ставит его на острие войны и вынуждает принять решения, от которых зависит будущее всего человечества. Взлетает пламя сомнений, но она не исчезнет – Синдзи должен выбрать, какие жертвы необходимы ради мира. Что же он предпримет в этот раз — под тяжестью новых испытаний и старых обманов?
