После разгрома последнего Ангела Nerv сталкивается с новым противником — человечеством, движимым силами Seele. Неразрешимая депрессия обрушилась на Синдзи Икари: ему придется принять судьбу человечества или отказаться от самой идеи личной индивидуальности. Параллельно, командующий Nerv Гэндо Икари намерен запустить новый проект, призванный привести к совершенству человеческой расы, используя ключевые фигуры Рэй Аянами и Лилит для претворения своей давней мечты. Мир балансирует на краю пропасти, надвигается судьбоносная финальная битва, которая может коренным образом изменить смысл существования и взаимосвязи человека и машины. Этот фильм служит альтернативным финалом к противоречивым завершающим эпизодам оригинального сериала, предлагая иной взгляд на концовку истории, трагедию героев и цену выбора между коллективным будущим и личной свободой.
