После Второго удара на карте мира остался лишь разрушенный регион вокруг города Токио-3, который постоянно страдает от атак гигантских существ — Ангелов, стремящихся уничтожить человечество. Синдзи Икари, три года не виделший своего отца, получает звонок с требованием немедленно явиться в штаб-квартиру организации Nerv, стоящей на передовой против Ангелов. В Nerv для борьбы с врагами применяют гигантские боевые машины — Евангелионы. Основная миссия молодого пилота — освоить управление Евой-01 и работать в связке с пилотом Евы-00, Рей Аянами. Перед ним открывается непростая дорога: принятие ответственности, тревога за близких и поиск собственного места в мире, где каждое решение может изменить исход битвы за выживание человечества. В этом мрачном и напряжённом мире страхи переплетаются с надеждой, а загадки прошлого вламываются в каждую встречу, заставляя персонажей расти и делать трудный выбор.
