События одиннадцатого фильма Детектив Конан: Джолли Роджер в глубине лазури разворачиваются вокруг острова Коми в самом сердце Тихого океана. По преданию, которое передают из поколения в поколение, на морском дне спрятан Подводный дворец — руины, чьё существование окутано тайной о сокровищах двух знаменитых пираток: Энн Бонни и Мэри Рид, чья эпоха ушла в прошлое три столетия назад. Во время каникул на острове Когоро Конан Эдогава, Ран Маури и их юная команда сыщиков сталкиваются с теми, кто гонится за легендарной добычей. Вскоре их мир превращается в цепь преступлений и загадок, где каждый новый шаг приближает к разгадке заговора вокруг затонувшего дворца. На кону оказываются не только богатства, но и благополучие друзей и их жизни. Так молодые сыщики углубляются в пучину морских глубин и древних легенд, чтобы раскрыть правду, скрытую под лазурной поверхностью океана.
