Освободившись от обязанностей в рамках 501-го секретного отдела, Мотоко Кусанаги оказывается вынужденной подчиняться приказам Дайсуке Арамакі. Внезапно проектам шепчет тревожная новость: кто-то сумел взломать искусственный интеллект Логикомы, что бросает вызов всей кибернетической системе города. Бато начинает собирать новую команду, чтобы расследовать инцидент и предотвратить дальнейшие нарушения. Он приглашает к участию бывшего военного разведчика Исикаву и специалиста по взрывчатке и подрывному делу Бому, рассчитывая на их опыт и бдительность. Параллельно Кусанаги стремится расширить спектр людей в деле и привлекает к расследованию двоих талантливых со свидетелем: снайпера Сайто и таинственного агента Падзу. В итоге девятый отдел разворачивает очередную операцию, соединяя в себе тени прошлого и неопределённого будущего. Мир вокруг становится всё более сложным и небезопасным, ведь битва не ограничивается физическими границами: здесь на кону стоят судьбы людей и границы между человеком и искусственным разумом.






