События фильма Кланнад разворачиваются вокруг старшей школы, perched на холме маленького японского городка. Главный герой, Томоя Окадзаки, учится на последнем курсе, но к учёбе относится не всерьёз и часто опаздывает. Его воспринимают как хулигана, потому что одноклассники, поглощённые подготовкой к экзаменам, не замечают его. Друзья у него почти не водятся: ближайший товарищ — Ёхэй Сунохара, тоже человек без особого правила и расписания. Казалось, он смирился с таким положением вещей — до того дня, когда на его пути внезапно возникла Нагиса Фурукава. Она оказалась без поддержки и друзей в школе, ведь все её прежние одноклассники уже окончили обучение. Эта неуклюжая и застенчивая девушка не привлекает к себе внимания, но Томоя не может пройти мимо и решает протянуть ей руку помощи. По мере развития сюжета он встречает и других девушек из своей школы. Изначально он относится к ним без особого интереса, но постепенно сердце героя начинает открываться.
