Как случается любовь там, где судьба не дает быть вместе? Такаки Тоно с детства был близок с Акари Синохарой; их дружба и взаимная близость росли, пока в средней школе Акари не пришлось переехать в другой город, и их совместное время кардинально сократилось до телефонных разговоров и переписки, пообещав друг другу сохранять связь и встретиться когда-нибудь. Но время и обстоятельства разнесли их по разным путям, и расстояние между их сердцами оказалось значительнее любой географической преграды. «Пять сантиметров в секунду» — это романтическая драма, которая исследует повседневную, порой жестокую реальность отношений на расстоянии. Зацикленные на прошлом герои не способны наполнить пустоту воспоминаний новыми моментами из детства, поэтому Такаки и Акари цепляются за надежду снова увидеть друг друга и продолжают тащиться по серым будням, причиняя себе и окружающим боль в ожидании того дня, когда они смогут наконец встретиться.
