После катастрофы «Скайфолл», вызвавшейся падением на Землю разрушенной орбитальной космической станции, мир оказался на грани гибели. Обломки и радиоактивная пыль оседали в образовавшемся кратере, где теперь обитают кайдзю — порождённые генетическими мутациями твари гигантских масштабов. В эту зону приближается Рэя, аватар и носитель загадочной миссии: собрать разбросанные «семена», артефакты, чьи истинные назначения ещё скрыты от него. Он совершенно не осознаёт, что за задачей скрывается нечто гораздо глубже и опаснее, чем ему казалось. Судьба сталкивает Рэю с таинственной девушкой по имени Мил, чья роль в происходящем остается загадкой. Кто она на самом деле — человек или одно из созданий кайдзю, возникшее благодаря мутациям? Их встреча становится ключом к разгадке многочисленных тайн, лежащих под обломками прошлого, и заставляет Рэю пересмотреть то, во что он верил, ведь мир вокруг него рушится и меняется на глазах.
