Сакаки, лидер преступной группы «R», находит сбежавшего Мьюту в отдалённом уголке региона Джото и решает вернуть над ним контроль, снова заманивая его в ловушку через своих подчинённых — покемонов-клонов, которых он использует как приманку. В это время Сатоси и его друзья попадают в плен к новому участнику «R» — Домино, и начинается жестокая битва за выживание. Мьюту вынужден столкнуться с суровой реальностью: можно ли найти смысл существованию созданных наукой существ и какое будущее их ждёт в руках людей. Разгораются не только физические схватки, но и спор о морали: как далеко можно зашагнуть ради цели, и что значит жить свободно, если за тобой стоят чужая воля и чужой счётчик силы. По мере развития событий герои задаются вопросами о границах науки и ответственности, о дружбе и выборе между личной свободой и ради общего блага. История заставляет переосмыслить роль Мьюту в мире и его право на собственное предназначение.
