События разворачиваются спустя некоторое время после финала первого сезона. Пока Ёко занимается подводными исследованиями у побережья Мадагаскара, Мадока, утратившая способность активировать глаз ауры, отправляется в Камогаву в поисках ответов и утешения. Вернувшись домой, она находит письма от Лан и Мугинами, в которых они делятся своей нынешней жизнью и тепло поздравляют её с наступившим Новым годом. Проходит несколько месяцев, учебный год подходит к концу, и Мадока переводится в новый класс; её день рождения уже близок. В это же время её лучшие подруги прилетают в Камогаву, чтобы увидеть копию города, размещённую в межгалактическом туристическом центре на далёкой планете Полигидрон. Гости замечают, как меняется судьба героини под влиянием новых знаний и воспоминаний, и вместе с этим рождаются планы на будущее и обещания поддерживать друг друга.
