Когда настал момент, когда Земля избавилась от всех врагов, капитан Харлок покинул свою команду и отправился скитаться по просторам космоса в одиночку. Однако затянувшийся покой оказался недолгим: перед ним встал новый, по-настоящему ужасающий противник, с которым одному не справиться. Во время археологической экспедиции профессор Дайба непреднамеренно пробуждает древнюю зловещую расу, известную как «ну», которую страх держал под контролем Вселенную задолго до появления человечества. Спустя пять лет после той миссии могущественное зло снова набирает силу и, стремясь вернуть мир к исходному хаосу, начинает приводить в действие свой коварный план. Космический пират Харлок вновь собирает свою команду — преданных товарищей: Кей Юки, доктора Зеро и первого помощника Яттарана — а к ним присоединяется сын профессора Тадаси Дайба из «Аркадии». Объединив силы, Харлок отправляется в очередную схватку с таинственным врагом ради защиты Земли.
